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影片主要讲述了明朝锦衣卫陈九、丁一前往日本宣读国书时惨遭武士追杀，侥幸逃脱后，两人为了救出帮助自己的日本侠盗石川小夜子，乔装打扮重新潜入龙潭虎穴展开营救行动，不料却发现日本大魔头松本秀吉阴谋攻打朝鲜的布防图，在三人逃亡过程中，陈九被毒针所伤生死未卜为夺回布防图，拔掉眼中钉，大批日本武士包围了富士山下的小山村，藏匿明朝公主的善良村民被赶尽杀绝最终，锦衣卫兄弟二人联合日本村民夜袭魔窟伏见城，摧毁了日本大魔头的惊天阴谋，富士山下，铁血兄弟与小夜子依依惜别武侠喜剧《绣春伏魔传之血战富士山》剑走偏锋，一改近年来锦衣卫题材影片的老套路，将角色定位还原成有血有肉，让观众触摸到普通人生活常态，剧中锦衣卫兄弟演绎了充满正义感却也有自私、胆怯的真实形象，为传统英雄形象增添了真性情。